Национальный исследовательский ядерный университет (НИЯУ) МИФИ занял ведущие позиции в рейтингах российских учебных заведений. Так, в ежегодном рейтинге рейтингового агентства "Эксперт РА", составленном по инициативе и при поддержке фонда "Вольное дело", НИЯУ МИФИ занял четвертое место после МГУ имени М.В. Ломоносова, Московского физико-технического института и Московского государственного технического университета имени Н.Э. Баумана. Рейтинг был составлен на основе статистической информации и опроса среди 7,5 тыс. работодателей, представителей академических и научных кругов, студентов и выпускников. Учебные заведения оценивались по трем критериям: условия для получения качественного образования, уровень востребованности выпускников на рынке труда и уровень научно-исследовательской активности.

В другом списке лучших - пятом ежегодном Национальном рейтинге университетов, подготовленном по итогам 2013/2014 учебного года международной информационной группой «Интерфакс» и радиостанцией «Эхо Москвы», МИФИ занял третье место, уступив лишь МГУ и Санкт-Петербургскому государственному университету. В общей сложности в Национальный рейтинг 2013/2014 учебного года вошел 161 вуз. Учебные заведения оценивались по шести основным параметрам: образовательная деятельность; научно-исследовательская деятельность; социализация - отражает деятельность вуза в социальной сфере; интернационализация или международная деятельность вуза; бренд вуза; деятельность вуза в сфере технологического предпринимательства.